Зависит от того, что для Вас важнее.
Web-приложение открывается с любого устройства и не занимает на нём места, адаптируется под любой экран.
Нативное приложение разработано для использования на определенной платформе (iOS, Android, Unix, Windows). Оно гарантирует стабильную работу и полное использование возможностей устройства. Однако необходима разработка отдельных версий для каждой платформы.